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それは、ワンダーランドの"はじまり"の物語

『アリス・イン・ワンダーランド』の続編。マッドハンターを救うため、アリスは時間をさかのぼる。

あの冒険から3年、アリスは亡き父の後を継ぎ、船長として大海原で活躍していたが、航海を終えてロンドンに戻った彼女を待っていたものは、厳しい現実だった。そんな彼女の前に、青い蝶に変身したアブソレムが現れ、ふたたびアンダーランドにたどり着く。そこに待っていたのは、アリスに助けを求める懐かしい仲間たち。なんと、あの奇天烈で楽しいマッドハッターが、悲しい過去に心を奪われ命の危機にあるという。
アリスは白の女王の導きにより、時間の番人＜タイム＞が棲む永遠の城にたどり着く。＜タイム＞は、時を刻み続ける万物の大時計とシンクロする心臓を持つ、摩訶不思議な存在だった。「過去を変えることはできない」と告げる＜タイム＞の隙をつき、アリスは万物の大時計から時間をさかのぼるための不思議な動力源クロノスフィアを取り出すと、襲い来る追手を振り切り過去へと旅立つ。
異変を体感した＜タイム＞は激怒し、＜時間の海＞にアリスを追った。一方、アウトランドに追放の身となっていた赤の女王は、過去も現在も未来も支配するという野望を抱いて、アリスを捕らえるべく陰謀をめぐらす。アリスは時間をさかのぼりながら、マッドハッターや仲間たちの過去の姿、赤の女王、白の女王の幼年期の秘密を目撃していく。＜タイム＞や赤の女王の脅威が迫る中、果たしてアリスは、運命に逆らい、過去を変え、マッドハッターを救うことができるのか！？