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全三部作で描かれるアニゴジ第二章

＜ゴジラ・アース＞を倒すため＜メカゴジラ＞が新たな姿で現れる

《第一章》21世紀初頭、人類はゴジラに蹂躙された地球をあとに、移住可能な星を目指すが失敗し、時空の歪みにより「二万年後の地球」に戻ることとなる。
主人公・ハルオたちは20年間考え続けた「対ゴジラ戦術」を2種族の異星人と共に実行し、決死の戦闘でゴジラを倒すことに成功する。
しかし喜びも束の間、地中深くから真のゴジラ＜ゴジラ・アース＞が姿を現す。二万年もの間成長を続け生き永らえ、体高300メートル、質量10万トンを超える姿へと進化した超巨大ゴジラ＜ゴジラ・アース＞の圧倒的な破壊力を前に、ハルオたちは散り散りになってしまう。

《第二章》ハルオを救ったのは、人類の生き残りと目される「フツア」の民：ミアナ。ミアナには双子の姉＜マイナ＞もいた。彼女たちは人類の子孫なのか―――。「フツアの神もゴジラに破れ、今は卵を残すのみ。挑むもの、抗うもの、すべて炎に呑まれて消える」という彼らにハルオは、「これは、人類の手に地球を取り戻す、最後のチャンスなんだ」と語り返す。 一方、ビルサルドの指揮官・ガルグは、フツアの持つ矢じりが“自律思考金属体＝ナノメタル”でできている事に気がつき歓喜する。それは、21世紀に彼らが富士山麓で「対ゴジラ決戦兵器」として開発するも、起動寸前で破壊された＜メカゴジラ＞を構成するものと同じ物質であり、その開発プラントが今もなお、残っている証だった―――。